《兽械争霸》紧接《超能勇士》剧情，巨无霸们押送威震天返回家乡塞博特恩，却在中途遭威震天逃脱。威震天抢先抵达塞博特恩，利用外星科技完全控制了母星，并一举击落巨无霸的飞船，使猩猩将军等人在陌生而扭曲的机械星球上陷入孤立无援的境地。威震天推行极端纯化计划，认为有机形态是变形金刚的污点。他在塞博特恩散播致命病毒，抽取所有变形金刚的火种，将其转化为无意识的士兵，企图彻底灭绝有机元素，将整个星球变为纯粹的机械地狱。昔日繁华的首都变为荒芜的战场，幸存的巨无霸们不仅要躲避威震天的追杀，还要寻找恢复火种的方法。面对压倒性的强敌，猩猩将军领导小队不断进化，获得新的变体形态，并逐步揭开塞博特恩深层的秘密。他们发现，这场战争不仅是生存之战，更关乎所有生命形态的本质。在绝境中，巨无霸们试图唤醒被压制的火种，阻止威震天完成灭绝计划，为有机与机械的共存争得一线生机。