本季剧情紧接前作，斯普林特老师不幸被施莱德俘获，囚禁于险恶之地；而莱昂纳多在战斗中身中致命剧毒，生命垂危。多纳泰罗与宫本兔不得不联手，穿越重重危机寻找解药，同时设法营救师父。另一边，拉斐尔和米开朗基罗留守纽约，与脚帮武士展开激烈对抗，并在暗中调查克朗与外星科技的秘密。全新敌人陆续登场，神龟们不仅要面对施莱德的疯狂反扑，还要应对克朗所带来的异次元威胁。随着真相逐渐揭晓，四兄弟之间的羁绊也面临严峻考验。莱昂纳多能否挺过毒害？斯普林特老师又能否脱困？在一次次生死交战中，神龟们展现出超越极限的勇气与智慧，团结一致，为守护城市与正义而战。本季冲突全面升级，情感刻画更为深刻，动作场面酣畅淋漓，堪称经典篇章。