本季故事紧接第一季，科拉在化解共和城危机后，应叔父乌纳拉克之邀前往北极水族，学习驾驭灵界力量。乌纳拉克主张开放灵界通道，而科拉的父亲通科则持反对意见，南北水族矛盾一触即发。科拉在探索灵界时，意外唤醒了远古邪灵瓦图。瓦图曾与神通拉瓦一体，后被分离封印。乌纳拉克的真实面目逐渐显露——他企图与瓦图合体，成为黑暗神通，重塑世界秩序。科拉在灵界中迷失，陷入自我怀疑与恐惧的深渊。与此同时，她的初恋情人马科与弟弟博林、以及前反派塔洛克等角色相继卷入斗争。科拉被迫面对家族背叛、灵界失衡与内心黑暗的纠缠。最终，她通过心灵觉醒，与拉瓦重新融合，击败瓦图，却也让灵界与现实世界永久连通，世界从此迎来神灵与人共存的动荡新时代。