《忍者神龟》第一季讲述了一个跨越十个世纪的邪恶阴谋在现代纽约重新浮现。主角是四只被放射性黏液变异的乌龟——达芬奇、拉斐尔、多纳泰罗和米开朗基罗，他们在忍者大师斯普林特（一只同样变异的老鼠）的教导下，精通忍术并居住在曼哈顿的地下管道中。本季的反派是神秘而强大的施莱德，其真实身份是外星人阿特姆·施莱德。他在日本收养了义女唐井——恰是天狗施莱德小禄崎的直系后裔，并将毕生忍者技艺传授给她。施莱德利用唐井和脚帮忍者军团，在纽约策划了一系列高科技犯罪活动，企图找到并夺取某种能让他重返太空的装置，进而实现征服地球的野心。忍者神龟们与施莱德斗智斗勇，不仅要应对街道上的忍者袭击、高科技武器和变异怪物，还要面对来自人类世界的误解与追捕。在一系列惊险的战斗中，他们逐渐揭开施莱德的外星身份，并结识了正义伙伴——女记者爱普莉尔和神秘的“面具男”凯西·琼斯。最终，神龟们用勇气与团队合作击败了施莱德的首次阴谋，但这仅仅是传奇的开始。