本季故事紧接前作，忍者神龟们因意外被卷入太空，首次直面广阔无垠的宇宙。他们遭遇了形形色色的外星种族，有的友善，有的充满敌意，而隐藏在星际暗处的阴谋正悄然逼近。缺乏熟悉的地形与后援，四兄弟只能凭借各自的特长与默契配合，在各种危机四伏的星球上寻找归途线索。与此同时，新的盟友与敌人接连登场，神龟们不仅要应对强大的外星追猎者，还要解开宇宙中古老遗迹的秘密。莱昂纳多的领导力、多纳泰罗的科技智慧、拉斐尔的勇猛以及米开朗基罗的乐观精神，在恶劣环境中经受着严峻考验。他们逐渐意识到，这次旅程不仅是生存之战，更是一次关于成长与责任的深刻历练。随着真相浮出水面，神龟们必须做出抉择：是尽快返回地球，还是承担起守护宇宙和平的使命。本季以宏大的世界观、紧张刺激的战斗和幽默温情的互动，为观众呈现了一段难忘的星际篇章。