克隆人士兵锤头突然出现严重神经紊乱，在一场任务中失控杀死了绝地大师蒂普拉。绝地武士团对此深感震惊，安纳金·天行者奉命护送锤头返回卡米诺的克隆人制造中心进行详细检查。然而，调查过程却意外揭开了克隆人脑中植入抑制芯片的惊天秘密，这些芯片与绝地武士团有着隐秘的关联。与此同时，阿索卡·塔诺因被诬陷而离开绝地武士团，黑暗原力的阴影逐渐笼罩银河系。本季深入探索克隆人的自主意识与命运，展现了他们与绝地之间复杂而悲剧性的羁绊，为即将到来的终极对抗埋下沉重伏笔。