2006年版《魔法老师！？》是继2005年首部动画后，由SHAFT与GANSIS再度打造的独立改编作品。全26集于2006年10月至2007年3月在东京电视台播出。本作虽然保留了“涅吉被梅尔帝亚纳魔法学校派往麻帆良学园实习”的核心设定，但故事走向、角色关系及学园背景均与原作漫画及前版动画存在显著差异，甚至可视为平行世界般的新篇章。动画在视觉风格上充满SHAFT特有的演出手法，大量运用夸张构图、快速切换与符号化表达，赋予魔法课堂与战斗场面强烈的冲击力。涅吉与他的学生——包括神乐坂明日菜、宫崎和香、绫濑夕映等31位个性鲜明的少女——之间展开的互动，既有轻松搞笑的校园日常，也埋藏着神秘阴谋与魔法危机。随着实习的深入，涅吉逐渐发现学园中隐藏的黑暗秘密，并被迫在守护他人与完成使命之间做出抉择。本作相较原作大幅改编剧情，大胆重塑人物关系，以更紧凑的节奏和别具一格的演出风格，为观众呈现了一个既熟悉又充满惊喜的魔法世界。